(二)因工程质量验收不合格导致的纠纷
工程合同中的价款针对的是合格工程而言的，而在工程实践中，不合格产品也是普遍存在的，对于不合格产品如何计价也就自然成为了合同当事人关注的问题。在这个问题中也涉及到两方面的问题：一是工程质量与合同约定的不符合程度，二是针对该工程质量应予支付的工程款。
对此，《解释》第16条也同时作出了规定：
建设工程施工合同有效，但建设工程经竣工验收不合格的，工程价款结算参照本解释第3条规定处理。即：
(1)修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持;
(2)修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。
因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。
(三)因利息而产生的纠纷
《合同法》第113条规定：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，给对方造成损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违反合同一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违反合同可能造成的损失。”
从上面的条款我们可以看到，如果建设单位不及时向承包商支付工程款，承包商在要求建设单位继续履行的前提下，可以要求建设单位为此支付利息。因为利息是建设单位如果按期支付工程款后承包商的预期利益。
在实践中，对于利息的支付容易在两个方面产生纠纷：一是利息的计付标准，二是何时开始计付利息。
《解释》第17条对于计付标准作出了规定：当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理;没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。
同时，《解释》第18条也对何时开始计付利息作出了规定：利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：
(1)建设工程已实际交付的，为交付之日;
(2)建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日;
(3)建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。