建立健全内部控制系统是社会化大生产和对其进行系统管理的客观需要，它所具有的功能和作用已为无数实践所证明，内部控制已成为当今国内外组织内部管理系统的重要组成部分，成为组织内部为实现其业务和管理目标，实施自动防错、查错和，实现自我约束、自我控制的不可缺乏的重要手段。内部控系统具有以下功能：
1促进组织一切业务活动按其既定的目标有计划、有步骤地推行，保证健康、有序地运作，及时发现可能出现的偏差并给予迅速纠正，防范经营风险和财务造假，避免潜在危机转变为现实的损失。:www.59wj.com网
2保证国家的法律、法规、政策的贯彻执行，自动检查执行中存在的问题，并予以示警，以不断修正和调节组织内部各部门，各单位和个人的行为，保证其在法律法规规定的轨道上运行。
3保证国家、集体和投资者财产物资的安全完整，保证会计信息和其他信息的真实可靠，使业务处理合理、凭证有效、记录完整正确、稽核有力，能有效地堵塞漏洞、防止或减少损失浪费，防止和查处贪污盗窃等违法乱纪行为。
4保证提高业务处理的工作效率，使各项工作分工及其程序规范化、标准化，使内部各部门各单位明确工作范围及职权、责任，并各司其职、各尽其能，减少不必要的请示、汇报环节，避免扯皮、推诿、拖拉现象的发生。
总之，内部控制系统是企事业单位自我设计、自我制订、自我实施，最终自我受益的管理制度，是有意识地制约内部管理和核算工作“假”“乱”的重要工具，是扼制经济领域违法乱纪的重要防线，是保证组织自身“经济安全”的屏障，也是经济监督和检查人员得以依赖的对象和手段。在国外内部控制系统被称作为组织管理系统的操作软件。当然，内部控制制度这一软件能顺利加载、运行、发挥作用，并成为检查控制依赖的基础，受到诸多主观和客观因素的制约和影响，主要有：控制目标设定的水平，组织的规模和业务特点，有关内部控制制订的合理性和可行性，有关内部控制制度的生存性、适应性和持续性，内部控制的成本支出，实施内部控制的人员素质，组织领导者对内部控制的态度和其他辅助条件等。有时部分内部控制制度基本健全并能发挥相应的作用，但由于某些内部和外部因素发生变化，其作用便会发生变异。也就是说内部控制系统的作用由于这些因素不断发生变化，其作用可能被加强或弱化，人们能否利用组织内部控制系统和在多大程度上利用这一基础，完全有赖于特定环境下内部控制的运作状况及其有效程度。
建立和健全内部控制制度不是外部经济监督和检查人员的责任，而属于单位自身的管理责任和会计责任，也就是说，其内部控制的存在与否及其发挥作用的程度如何与外部检查人员(如审计人员、税务检查人员等)职责无关。但是单位内部控制的有无、好坏与打假治乱、查错防弊工作存在密切联系，特别是与审计、查账风险有直接关联。由此打假治乱工作不仅从自身职责，而且从其工作及其管理的角度，格外关注企事业单位的内部控制系统。
对内部控制系统的关注，主要源于两方面的原因：第一，内部控制系统的存在性及其效果性是企事业单位的“晴雨表”，凡内部控制系统已建立、健全，那么其生产经营业务和财务核算工作就比较规范和有序，管理控制工作就比较严格，发生错误和舞弊的机率就相对缩小，这无形中减少了会计检查的压力。反之，组织内部控制制度不存在或虽有制度但形同虚设，根本得不到实施，那么其业务的规范性必然下降，产生错弊的可能性自然会增加，对其进行监督检查的压力自然会增加许多。第二，从对企事业单位进行经济监督的角度讲，单位内部控制系统经常是监督检查的对象，即将其内部控制制度的有无及其执行好坏和效果，视同于单位内部的业务活动，需要进行必要的详尽的检查分析，并将内部控制制度与生产经营管理活动有机结合起来，将单位存在的会计核算的假乱问题及经济领域违法乱纪与内部控制制度的漏洞联系起来，找出存在问题的管理依据和环境基础，以剖析账目错弊存在的客观条件。第三，分析评价单位内部控制系统是监督检查工作的基础。检查工作根据分析评价结果，来决定检查人员对被查单位内部控制系统的依赖程度，进而决定进一步检查的工作重点、方向和范围，亦即检查人员将检查工作的部署建立于对被查单位内部控制系统进行测试和评价的基础之上，因此内部控制系统对检查工作具有基础性的导向功能。第四，加强和完善单位内部控制作为会计检查和经济监督工作的治本性目标。通过检查实施有效的经济监督，发现其会计核算中存在的错弊，并找出其内部管理和控制的薄弱环节，既揭露违法乱纪现象，查处有关责任者和当事人，同时促进被查单位改善经营、加强管理，建立和健全内部控制系统，防范类似的财务造假和违法乱纪现象再度发生，从而达到查处一个、教育一片、长期收益的目的。事实证明，建立和健全内部控制系统不仅是打假治乱工作所需要的客观环境，同时也是其基本工作目标之一。:www.59wj.com网
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